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理解するとは、それについて自分の言葉で説明できるようになることです。
H2Oはもちろん水のことですが、なぜこのような記号で表すことができるのか（水分子はH原子２個とO原子１個とでできているからですよね）を理解していなければ意味がありません。
さらに理解して覚えたことは忘れにくいです。
このことは、全ての教科について言えます。
日本史や世界史のような歴史物であっても、単純に年号を暗記するよりは、それぞれの出来事の関連を理解して覚えておくほうが効果的です。そうすれば、それらの出来事が起きた順番を間違えたりすることはまずありませんし、糸をたぐるように関連する記憶を次々と引き出すことができます。
特に理系科目においては、理解していないのは使えないのと同義です。
教科書レベルの問題であれば、そのまま公式に当てはめればよいでしょうが、応用問題になるとどの公式・どの定理を使えばよいのか分からなくなってしまいます。
「理解」するためには？
それでは「理解」のためには具体的にどのようなことをすればよいのでしょうか。
まず、数学や物理であれば、教科書に証明が載っている公式は自分で証明してみることを強くお勧めします。この際は、教科書を見ながらでもかまいません。
さらにそれらの公式はたいてい数式で書かれているものですが、それを日本語に「翻訳」してみましょう。たとえば、物理でｘ＝ｖｔという公式がありますが、これは「距離＝速さ×時間」と言えます。
日本史であれば、個々の事件は単独で起こったわけではなくて、きちんと因果関係があります。（生麦事件→薩英戦争など）その因果関係をきちんと押さえることが何よりも肝要でしょう。
単なる丸暗記ではなく、その背景や成り立ちを理解するように努めてください。